Bestyrelsen af DN Syddjurs består af 9 bestyrelsesmedlemmer og 2 suppleanter, som vælges på årsmødet.

Årsmøde med valg af medlemmer til bestyrelsen finder sted hvert år i september, oktober eller november. Dato og sted fastsættes af bestyrelsen.

Bestyrelsen indkalder medlemmerne til årsmødet med et varsel på mindst 14 dage gennem foreningens hjemmeside eller ved anden skriftlig meddelelse eller annoncering , hvor dagsorden fremgår i øvrigt henvises til vedtægter og forretningsorden.

Bestyrelsen mødes normalt den 2. tirsdag i hver måned dog undtagen juli, hvor der holdes sommerferie. Dagsorden udsendes senest 3 hverdage før mødet. Emner som ønskes på dagsordenen skal være formanden i hænde senest 5 dage før mødedatoen.
Ud over bestyrelsesmøder deltager bestyrelsesmedlemmerne i en række møder og bestigelser relaterede til sagsbehandlingen.

DN Syddjurs er repræsenteret i Samrådet for Østjylland, som har til opgave, at fremme samarbejde, videndeling og inspiration mellem afdelingerne, og at bistå med at koordinere afdelingernes arbejde med sager af fælles interesse

Samrådet for Østjylland består af 2 repræsentanter af hver afdelingsbestyrelse udpeget af afdelingsbestyrelsen i afdelingerne: Faverskov, Norddjurs, Syddjurs, Aarhus, Odder, Horsens, Hedensted, Randers Samsø, Silkebrog kommuner.

Repræsentantskabet er Danmarks Naturfredningsforenings højest myndighed. DN Syddjurs har to pladser i repræsentantskabet.

Repræsentantskabet mødes normalt 2 gange om året.